"Balık Hafızalı" Mitine Karşı: Zebrafish [Danio rerio]

“Aslında herkes dahidir. Ama siz kalkıp bir balığı, 

ağaca tırmanma yeteneğine göre yargılarsanız, 

tüm hayatını aptal olduğuna inanarak geçirecektir.” 

Albert Einstein

Ne çok yargılıyoruz hayatımıza çıkan herşeyi, herkesi, her olguyu. Kendi inançlarımıza ters düşen herşey hakkında yorum yapma hakkını buluyoruz kendimizde. Kendi doğrularımızla bir sistem oluşturuyoruz ve sonrasında o sistemin kurallarına göre değerlendiriyoruz. Büyük resmi göremedikçe sınırlandırdığımız ve sonrasında eleştirdiğimiz o şey her ne ise bizi yanlışa götürmeye başlıyor. Einstein'ın da söylediği gibi bir balığı doğasında var olmayan ve olmasının da bir şey ifade etmediği bir yeteneğe bağlı olarak yargılayamayız. 

Bir canlıyı doğasında var olmayan bir davranışa göre yargılayamayacağımız bir diğer örneği yine balıklar üzerinden verecek olursak, “balık hafızası” ifadesinin yanlışlığıdır. Zebrafish türü üzerinde Alzheimer hastalığı üzerinde çalışmalar yaptığımız şu günlerde balık hafızasından şüphe etmemecesine emin olunan 3 saniyelik hafıza algısına karşı Zebrafish' de hafıza çalışmalarını yürütüyoruz ve bu bana oldukça ironik geliyor... Sonra Einstein'ın aklıma şu sözü geliyor; “Öyle bir dünyada yaşıyoruz ki, bir önyargıyı söküp atmak, atomu parçalamaktan daha zor.”

Bilkent Üniversitesi'nden Michelle ADAMS, Ayça ARSLAN ERGÜL ve hocamız Ahmet Raşit ÖZTÜRK ile yürüttüğümüz çalışmanın Biyoinformatik kısmında biz yer alıyoruz. Proje hem laboratuvar hem de biyoinformatik çalışma alanına sahip olduğundan dolayı çalışmanın oldukça sağlam olduğunu söylemeden geçemeyeceğim. Psikoloji, Genetik ve Biyoinformatik bilim dallarının ortak çalışmasına dayalı olmasından dolayı bu projede yer aldığımdan dolayı da son derece mutluyum. Beni bilenler bilir, defalarca neuroscience [nörobilim] ile biyoinformatik alanları arasında kararsız kalmış biri olarak -çekim yasası, enerji veya takdir-i İlahi- nedeni ve nasılı ne olursa olsun bu çalışmanın içerisinde olmak benim için büyük bir şans, büyük bir mutluluk ve onur :) Projenin ön çalışmasına dair yoğun bir şekilde çalıştığımız şu günlerde teknik açıdan daha detaylı bilgi veremeyeceğim. Elimizde var olan zebrafish beyinlerinin datasetleriyle neler yaptığımıza akıl bile erdiremezsiniz. Bilmeyenleriniz için onların bir fotoğrafını koymak istedim. Beyinleri birçoğunuzun düşündüğünden çok daha işlevli, bir de çok güzeller :).

Bayram tatilini genellikle tatil amaçlı kullandığımız bu zamanlarda tüm saatlerimi analiz yaparak, kitap okuyarak, araştırma yaparak ve hemen hepsinde defalarca hata yaparak tamamladım. Ve yine Einstein'dan bir söz beni ayakta tuttu. “Hata yapın: Hiç hata yapmamış bir insan yeni bir şey denememiş demektir.”

Gelin biraz defalarca yaptığım hatalardan en sonunda kazandıklarımı inceleyelim. GenKök Yaz stajının bize kattığı en önemli özellik yazma yeteneği diyebilirim. Yazmanın kıymetini daha çok algılamaya başladığımız eğitimimizde “Wiki” diye adlandırılan ve internet ortamında istediğimiz sayfayı oluşturmamıza olanak sağlayan bir web uygulamasını bir nevi laboratuvar defteri gibi kullanıyoruz. Laboratuvarda çalışanlar bilir her gün tarih atılan, her şeyin teker teker atlanmadan yazıldığı, kimi zaman görsel sonuçların da kesilip yapıştırıldığı, genellikle bench'in üzerinde duran bir defter vardır. Biz biyoinformatikçiler bunu internet ortamında yapıyoruz. Tabi avantajlarının yanında ufak dezavantajları olabiliyor. Mesela normal yazım adına deneyimlediğiniz her şeyin hiç bir işe yaramadığı bir yerdesiniz.

Datasetlerine ait genlerin “Affy zebrafish ID”'leri “Associated Gene Name” haline tool'lar yardımıyla dönüştürdüğüm gen listelerini daha sonrasında tüm çalışma arkadaşlarımın görebilmesi adına Wiki'ye yüklemem gerekmekteydi. Doğal olarak web sayfasını en başından itibaren oluşturmam ve sonrasında "Gene Lists" olarak adlandırdığım sayfayı link olarak vermem gerekiyordu. Gen listeleri çok uzun olduğundan dolayı alt alta koymak yerine her sayfaya oluşturduğum gen listesinin adını yazmalıydım ve bu gen listesinin adını da link olarak oluşturmalıydım. Sonucunda her linkten açılan bir sayfada o sayfaya ait gen listesinin oluştuğu düzenli, okunaklı ve kullanışlı web sayfaları elde edecektim.

Teorikte yapmam gereken fazlasıyla net olmasına rağmen bunu pratikte uygularken büyük bir sorunla karşılaştım. Staj arkadaşlarım mutlaka okuyordur yazdıklarımı, onlara da yararı olacaktır. Wiki'de link oluşturmak için istediğiniz linki şu şekilde yazmanız gerekmektedir.

[[/HaziranGrubu |BihterMuratoğlu]]

Bar (|) işaretinden önce yazılan bulunduğun sayfayı, sonra yazılan ise bulunduğun sayfanın hangi isimle gözüktüğünü göstermektedir. “Doğal olarak | işaretinden sonra yazdığın senin sayfanın ismi olacağından dolayı önemli olan sonrasında yazılandır.” Bu son cümleyi staja başlamadan önce Wiki'leirimizi istediğimiz gibi oluştururken Ahmet Raşit Hocamız söylemişti. Cümle bu kadarıyla son derece doğru sadece fazla bilmeyenler için eksiklikleri olan bir cümle :). Tabi bu eksiklikler aylar sonra bana nerede hata yaptığımı bulmam için uzunca bir zaman kaybettirdi.

Son derece düzenli bir şekilde tüm gen listelerinin isimlerini link olarak oluşturduktan sonra yeni açılan sayfalara gen isimlerinden oluşan listeleri ekledim. Sonrasında dönüp baktığımda toplamda 20'den fazla oluştuduğum linklerin içeriklerinin hepsi aynıydı! Tüm yazdıklarım her bir linkte birden oluşuyor veya son yazdığım başlıklar haline dönüşüyordu. Siz de bilirsiniz ki proje de önemli olan ne kadar emek verdiğiniz değildir, sonucunda tam zamanında kullanılabilir şeyleri ortaya çıkarmak gerekir. Eğer yetiştiremiyorsanız “Ben aslında çok çalışmıştım, çok denemiştim” demenizin hiç bir önemi olmuyor hocalarınız için... Bundan dolayı teslim etmeye çok az zaman kala sayfalarımın neden yok olduğunu veya neden üst üste eklendiğini anlamaya çalışmaya başladım. Defalarca aynı sayfalara dönüp bakıyordum, yazdığım kodları inceliyordum. Bir yandan da yeniden oluşturmaya başlamıştım. Yeni sayfa oluştururken Wiki'nin önerdiği benzer sayfalarda daha önce yüklediğim sayfalara ulaştım. Görebiliyordum, vardılar ama o sayfaları olması gereken doğru sayfalara bir türlü yönlendiremiyordum :).

En sonunda farkettim ki aynı özellikte olmalarından dolayı | işaretinden önce tüm linkler için aynı ifadeyi girmişim. Doğal olarak tüm yazılanlar ortak olan sayfada toplanıyordu. Mantık olarak hiçbir hata yoktu aslına bakılırsa. Az önceki örneğimden devam edecek olursam, hepsi HaziranGrubu'ydu ama sadece HaziranGrubu değildi. Oluşturduğum gerçek web sayfasının ismi | işaretinden önce gelendi. En sonunda fark ettiğim şey, "Dış görüşten daha önemli olan içte var olandır!" ;) :).

Bu sorunla uğraşırken bir yandan da diğer sorunu çözmeye çalışıyordum. Bir gen listesine ait alt alta eklediğim binlerce gen ismi sayfayı kaydettiğimde yan yana gözüküyordu. Anladığım kadarıyla Wiki'nin her bir gen isminden sonra bir satır aşağı inmesi gerektiğini algılatan bir şeyi eksikti. Biyoinformatikle haşır neşir olmayanlar bilmez ama yazı yazdığımız alanların arka planlarında bu kodların hepsi mevcuttur ve kolaylıkla istediğimizi gerçekleştirmiş oluruz. Ama yeni oluşturduğunuz bir web sayfası için aynı durum söz konusu değil. Python'da "\n" ifadesi alt satıra inmesini sağlayan bir ifade olduğundan Wiki'de bunu dahi denedim, olmadı. Araya bir satır boşluk koymasını sağlayan kodu ekledim yine olmadı. Enter'a basıp kaydettiğimde istediğim sonucu alabiliyordum fakat bunun içinde ~20x1000 kez Enter'a basmam gerekiyordu :). Bir yandan hangi kodu yazsam diye düşünürken bir elimle gerekli satıra geliyor diğeriyle Enter'a basıyordum. Yaptığım çoğu insana göre aptallık olsa da bir çözüm bulana dek en iyi çözümüm buydu ve bir çoğunu tamamladım :). Şimdi kısa yolunu biliyorum ama bunun kıymetini uzun yolu deneyerek anladığımı söylemeliyim. Tam da bu aşamada en güzel söz ise şu olmalı diye düşünüyorum; "Denemeyi göze alamadığınız zaman deneyime güvenin" :).

Yukarıda da bahsettiğim gibi hem "Affy ID" hem de "Gene Name" den oluşan iki liste aynı gen listesi içerinde yer alması gerekmekteydi. Ben bu iki listeyi karşılaştırılması adına yan yana koymak isterken Wiki bir türlü buna izin vermiyordu. Ne kadar boşluk bıraksam tek tek yine de kaydedince iki liste iç içe karışmış gözüküyordu. Ben iki listeyi şimdilik alt alta koymayı sağladım. Kayseri'ye döndüğümde Ahmet Raşit Hocam nasıl yapıldığını bana anlatacakmış :).

Bugün aslında blogumda bütün hafta yaptığım “Gene Ontology Analysis” ile ilgili tool'lardan ve kullanımından bahsedecektim. Sanırım deneyimlerimin büyüsüne kapılarak yazma sınırımı doldurdum. Birazdan Ayça Hocayla Skype görüşmemizin başlayacak olmasından dolayı burada bitiriyorum. Bir sonra ki hafta daha önemli analizlerden bahsedeceğim! Yine de şimdiden gene ontology analysis ile ilgili tüm sorularınız için iletişime geçebilirsiniz. Siz gezerken ben bütün hafta buralardaydım. Herşeye rağmen çok mutluyum! 

Ramazan Bayramı'nda yediğiniz tüm çikolatalar, şekerler ve bunları istemeye gelen tüm çocukların yanakları gibi tatlı mı tatlı günler geçirmeniz dileğiyle,

Bihter