Görselleştirme [Visualization]: Meme Kanseri Analizi

       "Korku  ve şüphe, düşün kanseridir." 

                                                                            Dreamer

Yaşarken fark edemediğimiz en önemli şey; olumsuz duyguların bizleri yönettiği. Vücumuzda ortaya çıkan her türlü hastalığın temelinde psikoloji yatmakta. Bizim seçimlerimiz bizi "şimdi" de karşılar. Yaşadığımız her ne ise onu düşüncelerimizle var ettik, var etmeye de devam ediyoruz. Tabi var ettiklerimiz düşüncede veya duygularda kalmıyor, vücudumuzda deneylerle ortaya konulabilen değişiklikler ortaya çıkarıyor. Kaybetme korkusu, şüphe, gelecek kaygısı gibi duygular düşün kanseriyken, birden bu duyguların sonuçlarıyla meme, akciğer, mide kanseri gibi kanserlere yakalanıyoruz.

Genellikle kadınların daha duygusal olduğu görülebilen bir gerçek. Büyük çoğunlukla ise meme kanseri görülme sıklığı kadınlarda daha yüksek. Kadınlarda kansere bağlı ölümlerin %18'i meme kanseri nedeniyle olmakta.  

Psikolojik temelini bir kenara atarak devam edecek olursak, kanser günümüzde oldukça çalışılan bir hastalık. Ben de lisans bitirme tezimi meme kanseri üzerine yapmıştım. "Meme Kanseri  Hastalarında CDKN2A Geninin Metilasyon Durumunun İncelenmesi"  adı altında yürüttüğümüz çalışma da CDKN2A geninin metilasyon oranının Türk populasyonunda da yüksek olduğunu ortaya koyduk. Tabi bitirme tezim neredeyse tamamiyle laboratuvar çalışması üzerineydi, biyoinformatiğe dayalı çalışma olarak sadece istatistiksel hesaplamaları ve primer tasarımını gerçekleştirmiştik. Biyoinformatik eğitimimin sonunda geriye dönüp baktığımda aslında yapılacak çok şey olduğunu fakat bilmediğimi fark ettim.

Şimdi biyoinformatiğe başlayalım. Bilmeyenleriniz için, "cBio Portal for Cancer Genomics" adlı web sitesinden bahsedeyim. "Görselleştirme, analiz ve keşfetme-bulma-" yapabildiğiniz çok güzel bir website. Kanser araştırmaları tabanlı olan bu site de uzunca bir süre geçirdim ve bir sürü şey keşfettim diyebilirim. Eğer sizinde merakınız var ise incelemenizi öneririm.

Aşağıda CDKN2A geninin 3D yapısını görmektesiniz. 

cBio Portal for Cancer Genomics'e girip kanser araştırması sekmesinden Meme Kanseri'ni seçtikten sonra gen setleri olarak da hücre döngüsü kontrolünde sorumlu genleri seçtim. Aslında burada görmek istediğim şey, lisansta tez yaparken bunları bilseydim nasıl bir sonuç ortaya koyardımı görmekti.

CDKN2A [cyclin-dependent kinase inhibitor 2A], hücre döngüsünde yer alan bir kinaz. (British Columbia,Nature 2012) olarak seçtiğimde sekanslanmış 65 örnekle, hücre döngüsü kontrolünde görevli 34 gen arasındaki sonuçları ortaya koyan bir grafikle karşılaştım. Meme Kanseri için British Columbia,Nature 2012 gibi bir kaç seçenek daha var ve her bir çalışmanın örnek sayısı kendi arasında değişmekte ve bundan dolayı da hücre döngüsü kontrolü ile arasındaki ilişkinin yüzdesi değişmektedir. Size en uygun olanını seçebilirsiniz. 

Aşağıdaki grafikte hücre döngüsünde yer alan 34 genin diğer kanser tiplerinde görülme oranı ve mutasyon, delesyon ve amplifikasyon gibi özellikleri gösterilmektedir. Aslında hareketli bir grafik, ben fotoğraf olarak yüklediğim için göremiyorsunuz. Her birinin üzerine gelindiğinde özelliklerini görebiliyorsunuz ve isterseniz grafiği daha farklı şekilde sort edebiliyorsunuz.

Aşağıdaki grafikte ise mutasyon durumlarını inceleyebiliyorsunuz. Her gen için bunu yapabiliyorsunuz. Ben sadece kendi çalıştığım geni koymak istedim. Yine bu grafikte de CDKN2A geninin diğer kanserlerle ilişkisini ve üzerine gelindiğinde her bir yuvarlağın bir kanseri ifade ettiğini ve grafiğin altında da mutasyonun lokalizasyonu görülmektedir.

Aşağıdaki grafikte ise 84 gen içinde 34 tanesi daha koyu renkle network grafiği gösterilmektedir. Filtreleme yeri Max:1.1 olduğunda bu şekilde görülmektedir.

Aşağıda ise filtreleme üzerinde yapılan değişiklikle Max: 53.8 olarak ayarlandığında, sadece hücre döngüsü kontrolünde görevli genlerin network grafiği gösterilmektedir. Bu network Cytoscape ile oluşturulmuştur.

Bunun gibi daha bir sürü görselleştirebileceğiniz özellik mevcut cBio Portal'da. Bir gen veya bir özellik üzerinden giderken bile ortaya koydukları pathway analizleri ile genler arasındaki ilişkiyi daha net bir şekilde gördüğünüzden dolayı, yeni araştırma alanları ve fikirleri oluşturuyorsunuz. Bu ve bunun gibi bir çok biyoinformatik sitesinde keşfedilecek çok şey var.

Korkunun ve şüphenin olmadığı, içimizdeki kanseri yok edip düşlerimizi gerçek kıldığımız biyoinformatikli günlerde sizleri bekliyorum!

Bihter