“İstatistik:
Cehaletin matematiksel teorisi.”
Morris Kline
Matematik profesörü
Kline istatistik hakkında bu sözü söylerken temelini neye
dayandırdığını uzunca bir süre düşündükten sonra yazmaya
karar verdim. Cehalet hakkında çokça söylenen söz varken sanırım
en güzeli ve en ılımlısı bu şekilde kullanılmış olmalı.
“Bilmek”
kavramının çok kıymetli olduğu günümüzde bir şeyleri
anlamlandırmaya çalışmak çokça gereksinim duyduğumuz bir şey. Ahmet Raşit Hocamızın bu haftaki blog yazısında değindiği gibi kelimeler çoğu zaman
ifadelenmesi herkes için aynı oranda olmayan bir şey fakat
sembolize edilmiş veriler herkes tarafından aynı algılandığından dolayı görselleştirme kıymetlidir.
GenKök'teki
eğitimimde son günlerimdeyken biyoinformatik alanında evrimsel bir
süreçten geçtiğimi ve çok şey öğrendiğimi fark etmişsinizdir.
Bu hafta da sizlere R programlama dilinden, Rstudio'dan ve R Shiny' den
bahsedeceğim.
R programlama dili,
istatistiksel hesaplamada oldukça kullanılan bir dildir. Kolay
öğrenilebilir olması ve bunun yanında öğrenmek için oldukça
çok kaynak bulabildiğinizden dolayı tercih edildiğini
söyleyebilirim. Programlama dili “elleri kirletmeden
öğrenilmediğinden” dolayı, uygulama sunan web sitelerini takip
etmek ilk adımda oldukça yararlı oluyor. Yönlendirilme ile devam
ettiğiniz içinde sabrınız hemen tükenmiyor. Takıldığınız
yerde ipucu vermesi de devam etmek için şevk oluyor. Ben R
öğrenirken videoların yanında en çok yararlandığım
DataCamp web adresiydi. Oyun oynamanın verdiği zevkle yarışır
olduğunu söyleyebilirim.
RStudio ise R
programlama dilini kullanabileceğiniz profesyonel bir yazılım
programı. Terminale ihtiyaç duymadan kendi programından
çalıştırdığımız kodları, kendi dosyalarınızı ve bir çok
özelliği bir arada görerek çalışmamıza olanak verdiğinden
dolayı da oldukça kullanışlı bir program. Bunun yanında sunduğu
packages [paketler] ile R' a bir çok özellik kazandırmaktadır. Hemen
yanında bulunan “Help” ile de bir çok fonksiyonun ne işe
yaradığını öğrenebilir ve/veya R'daki fonksiyonlara buradan
ulaşabilirsiniz. Aynı sayfada olması çalışırken dağılmamanıza
ve verimli devam etmenize yardımcı oluyor bana kalırsa.
Şimdi ise biraz
Shiny'den bahsetme zamanı. Rstudio üzerinden çalışabileceğiniz
ve verilerinizi bir web uygulamasına dönüştürmenizi sağlayan
bir framework. Kendilerinden söz ederken söyledikleri gibi HTML,
CSS ve JavaScript bilmenize gerek yok. (Tabi bilmeniz başka
çalışmalarda sizin için daha yararlı olacaktır.) Bu yüzden
uygulanabilirliği oldukça kolay.Yeni başladığım bir projenin bir kısmında R Shiny kullanacağım için ben de yeni yeni öğrenmeye başladığım şu günlerde izlediğim yolları sizlerle paylaşmak istedim.
R Shiny tutorial'dan yararlanmak güzel bir başlangıç olabilir. Kendi kendine öğrenmek için hazırlanmış 7 dersten oluşmakta ve sonunda sunulan alıştırma ile öğrenme pekiştirilmektedir. R programlama dilinin mantığını anlamada, kodları çözümlemede shiny oldukça yararlı diyebilirim. Web uygulamasına dönüştürürken ui.R ve server.R olmak üzere iki script'te (bazen bir yardımcı [helper.R] script'te eklebiliyor) kod yazılıyor.
7 dersi çalışırken sizinde karşınıza çıkacak alıştırmalardan birkaç örnek koymak istiyorum.
2010 yılında ABD' deki nüfus sayımını haritalandırdığımızda ortaya çıkan sonucu görüyoruz. Ayrıca değişkeni değiştirerek seçtiğimizde beyaz, siyahi, latin ve asyalı insanların dağılımını ve oranlarını inceleyebiliyoruz. Diğer programlama dillerine göre kod daha kolay yorumlanabildiğinden haritanın rengini değiştirme, yazı tipi ve text değiştirme, başka verileri kullanma gibi değişkenler deneyebilir ve bunu kolaylıkla yapabileceğinizi söyleyebilirim. Aşağıda uygulamanın haritalarını görmektesiniz.
Bunlar gibi daha bir çok şey oluşturabilmeniz için seçenek ve hazır kod bulunmakta. "Tutorial" 'dan sonra "Gallery" kısmını da incelerseniz bir çok örnek görebilir ve istediğiniz bir veriyi istediğiniz şekilde görselleştirebilirsiniz.
GenKök'teki Skype görüşmelerimizden birinde İTÜ'de biyoinformatik üzerine çalışan hocamız Ömer Sinan Saraç şöyle demişti; "İstatistikçisiz bir deney ölümden sonra otopsi doktoru çağırmaya benzer."
Sevgilerle,
Bihter
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder