III. Uluslararası Moleküler Biyoloji Kongresi: Bir Beyin Bir Başka Beyni Kurtarırken...

“Hiç bir saldırıdan korkma!

Dış dünyadan gelen her saldırı, gerçekten anlamak ve değişmek isteyenler için çok değerli bir armağandır. En acımasız olanı dahil her zarar veren saldırı, sadece, kendi kendine düşleyip eyleme geçirdiğin bir iyileşme süreci olarak meydana gelebilir.” 

Stefano E. D'Anna

Varoluş üzerine yazılmış en önemli felsefi kitaplardan “Tanrılar Okulu'nun” yazarı olan S. E. D'Anna' yı kaybettiğimiz şu günlerde onun felsefesini benimsemiş biri olarak hissettiklerimi anlatamam. Henüz kendisiyle tanışmamıştım oysa. Onun öğrencisi olarak yaşadığım şu hayatta onun felsefesini biraz çağrıştıran bir kongreden bahsedeceğim.

III. International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey adıyla İYTE' de düzenlenen kongrede hissettiğim, öğrendiğim ve deneyimlediğim ne varsa paylaşmak istiyorum. Paylaşmak istiyorum ki bu farkındalık çoğalsın, akademisyenlerimiz bir ders çıkarsın, öğrencilerimiz ise olması gereken davranışın bu olması gerektiğini görsün ve kendi hocalarından bu davranışı beklesin.

Shiny [RStudio]: Web Uygulaması ile Hayatı Anlamayı Kolaylaştırma

                                    “İstatistik: Cehaletin matematiksel teorisi.”

Morris Kline

Matematik profesörü Kline istatistik hakkında bu sözü söylerken temelini neye dayandırdığını uzunca bir süre düşündükten sonra yazmaya karar verdim. Cehalet hakkında çokça söylenen söz varken sanırım en güzeli ve en ılımlısı bu şekilde kullanılmış olmalı.

“Bilmek” kavramının çok kıymetli olduğu günümüzde bir şeyleri anlamlandırmaya çalışmak çokça gereksinim duyduğumuz bir şey. Ahmet Raşit Hocamızın bu haftaki blog yazısında değindiği gibi kelimeler çoğu zaman ifadelenmesi herkes için aynı oranda olmayan bir şey fakat sembolize edilmiş veriler herkes tarafından aynı algılandığından dolayı görselleştirme kıymetlidir.

Görselleştirme [Visualization]: Meme Kanseri Analizi

       "Korku  ve şüphe, düşün kanseridir." 

                                                                            Dreamer

Yaşarken fark edemediğimiz en önemli şey; olumsuz duyguların bizleri yönettiği. Vücumuzda ortaya çıkan her türlü hastalığın temelinde psikoloji yatmakta. Bizim seçimlerimiz bizi "şimdi" de karşılar. Yaşadığımız her ne ise onu düşüncelerimizle var ettik, var etmeye de devam ediyoruz. Tabi var ettiklerimiz düşüncede veya duygularda kalmıyor, vücudumuzda deneylerle ortaya konulabilen değişiklikler ortaya çıkarıyor. Kaybetme korkusu, şüphe, gelecek kaygısı gibi duygular düşün kanseriyken, birden bu duyguların sonuçlarıyla meme, akciğer, mide kanseri gibi kanserlere yakalanıyoruz.

Machine Learning [Makine Öğrenmesi]: Yapay Zeka

 "Hiç çok gerçek olduğundan emin olduğun bir düş gördün mü Neo? Peki, bu düşten hiç uyanmasaydın, düşler dünyasıyla gerçek dünya arasındaki farkı nasıl anlayacaktın?"
MORPHEUS

Yapay zekaya hoş geldiniz! Ya da sınırlandırılmış zeka mı demeliyim. Sınırlandırılmış, kurgulanmış bir zeka sizce de yapay değil mi? Fakat hayatımızı kolaylaştırmak veya hazlarımızı gerçekleştirmek adına yapay zekaya ihtiyaç duyuyoruz. İnsanlığın zekasını ön plana çıkarmak için mi yoksa üşengeçliğini göz ardı etmek için mi buna ihtiyaç duyduğuna tam olarak karar veremesemde, belirli bir hissin bizi buna çektiğine eminim.

D3js [Data-Driven Documents]: Görüntülemek anlamanın yarısıdır!

“Fiziksel objelerin aslında kendilerinden gerçekliklerinin 

olmadığını öğretiyorum, bunların ancak zihnin ürünleri 

olduğunu söylüyorum, aslında hepsi bir hayaldir. 

Bunların duyularla algılandığı ve ayırt edildiği doğrudur

 fakat aslında diğer yandan hiçbirinin kendiliğinden kendi

 doğaları, gerçeklikleri yoktur. Onlar gerçekte görülmüyorlar 

ama zihin tarafından ‘tasarımlanıyorlar’. Bir bakıma 

kavranabiliyorlar ama bir bakıma da gerçekte kavranamıyorlar.”

Buddha

"Kavramak" algısı ne kadar da anlatılamaz birşey değil mi? Beynimizin çalışma prensibi tamamen inanmaya kurulu olduğu sürece bizler zannettiğimize inanmaya, zannettiğimizi gerçek kılmaya devam edeceğiz. Her şeyin bir enerji olduğu evrenimizde var olmayanları var ederken bile aslında sadece düşünce de var ettiğimizi göz ardı ederek ve var ettiğimizi sahiplenerek yaşamaya devam ediyoruz. Ben de bugün kendime ait hissettiğim, var ettiğim, Buddha'nın dediği gibi “tasarladığım” bir şey üzerinden gideceğim.

Bayes Teoremi: Sözlerin seni ele veriyor!

“Bilimin temellerinden teknolojinin limitlerine,

bizzat insan durumunun tanmına kadar bence 

hesaplamanın kaderi geleceğimizin fikrini tanımlamaktır.” 

Stephen Wolfram

TEDTalks videolarından S.Wofram'ın “Her şey Teorisini Hesaplamak” konuşmasından çok etkilendiğimi söylemeliyim. Oluşturduğu programlarla aklınıza gelebilecek her şeyi hesaplamayı amaçladığını, bunu da başardığını görebiliyoruz ve sonunda şöyle bir farkındalıkla vurucu etkisini yapıyor. Doğada görülen karmaşık sistemlerin oluşmasını bir kaç basit kural sağlayabilir! Elimizle oluşturduğumuz basit bir kaç basit kuralın farklı kombinasyonlarda bir araya gelmesiyle tahmin bile edemeyeceğimiz kompleks oluşumlar meydana gelebilmektedir. Bu bilinçle basit birkaç kuralın değişikliğiyle farklı evrenlerin keşfi veya oluşumu ne kadar da mümkün :).

"Balık Hafızalı" Mitine Karşı: Zebrafish [Danio rerio]

“Aslında herkes dahidir. Ama siz kalkıp bir balığı, 

ağaca tırmanma yeteneğine göre yargılarsanız, 

tüm hayatını aptal olduğuna inanarak geçirecektir.” 

Albert Einstein

Ne çok yargılıyoruz hayatımıza çıkan herşeyi, herkesi, her olguyu. Kendi inançlarımıza ters düşen herşey hakkında yorum yapma hakkını buluyoruz kendimizde. Kendi doğrularımızla bir sistem oluşturuyoruz ve sonrasında o sistemin kurallarına göre değerlendiriyoruz. Büyük resmi göremedikçe sınırlandırdığımız ve sonrasında eleştirdiğimiz o şey her ne ise bizi yanlışa götürmeye başlıyor. Einstein'ın da söylediği gibi bir balığı doğasında var olmayan ve olmasının da bir şey ifade etmediği bir yeteneğe bağlı olarak yargılayamayız. 

Bayes'in Eline Düşmüş Belirsizlikler: Hasat Zamanı

“...Keder ve umutsuzlukla geçen bir gecenin ardından, yorgun, bitap da olsan, çocuklar için yapılması gerekenleri yapıp yapmayacağını bilmek istiyorum.

Nerede, kiminle, ne okuduğun beni ilgilendirmiyor. Diğer her şey bittiğinde seni ayakta tutan şeyin ne olduğunu bilmek istiyorum.

Kendinle yalnız kalıp kalamadığını ve o boş anlarda sana arkadaşlık eden kendini gerçekten sevip sevmediğini bilmek istiyorum...”

Oriah Mountain Dreamer (Kanadalı bir Kızılderili)

Büyük Resimdeki Parça: Biyoinformatik'teki Metafor

Baloncuklara Üflenen Biyoinformatik

Merhaba;

Şuan GenKök'teyiz ve Temmuz grubununda aramıza katılanlarıyla beraber merkezde sabahlamaya karar verdik. Tek çalışan birim biz olduğumuzdan dolayı bir yandan müzik dinliyoruz bir yandan çalışıyoruz. Ceyhun'un aramızdan ayrılışından bahsetmeyeceğim çünkü hala yokluk algısına alışamadım, her zaman yanımızda olup desteğini hissettireceğine eminim.  Çalışmaya biraz ara vererek deneyimlerimden bahsetmek istiyorum. Bahsetmeden önce çoğalan ve üreten ekibimizle tanışın :).

Bir İnsanın Hayatına Dokunmak Gibi

Tüm yaşanılan olumsuzlukların kazanılan deneyimlerle olumlanarak devam ettiği hayatımda gülümsemelerin kahkahaya dönüştüğü günler yaşıyorum. Bu anlamlı günlerde yazdığım bu blogda da teknik bilgilerden bahsetmeyeceğim. Biyoinformatik yolu benim için oldukça uzun bir süreç olacak bu yüzden tabiri yerindeyse emeklediğim şu günlerde öğrenirken hissettiklerimi aktarmak daha yerinde olur gibi geliyor.

Yeni Yeni Başlangıçlar Üzerine

Bugün üçüncü kişisel blog yazımı yazmaya başlayınca 21 gündür eğitimde olduğumu fark ettim. 21 gün psikoloji biliminde önemli bir yere sahip çünkü 21 gün herhangi bir şeye alışma sürecini ifade ediyor. Fazlasıyla alıştım ve bağlanıyorum. 

Göz açıp kapayıncaya kadar geçmiş olan bu günleri nasıl dolu dolu geçirdiğimizi hem yazstaji2014.blogspot.com.tr 'den takip ederken hem de kişisel bloglarımızdan okuduğunuza eminim. Haftaya yine önümüzdeki günlere dair hedeflerimizi belirleyerek başladık. Hedefler, rotamızı çizmemizde ve böylelikle büyük resmi görmemizde oldukça önemli bir yer tutuyor. Hedefler amaçlarımız doğrultusunda belirlendikçe biz de her geçen gün amaçlarımıza daha çok yaklaşıyoruz.

Bulutların Üzerinde Olmak Gibi...

İnanılmaz geçen bir haftanın ardından hızımızı kaybetmeden devam ediyoruz. Kaptanımızın da dediği gibi "Herkes yerlerini alsın, uçuşa hazırlanın!" Uçuşa hazırlandık ve artık uçuyoruz. Burak ve Ceyhun'unda gelmesiyle muhteşem ekibimiz tamamlandı sonunda. Bu konuda mütevazi olmayacağım. Çünkü gerçekten çok yönlü olan bu insanların bir araya toplanması sonucunda oluşan bu ekibin içinde bulunmaktan inanılmaz derecede mutluyum. Güzel ekibime merhaba diyin...

Biraz uçmaya ne dersiniz?

• Bir amaca sıkıca tutunup, erkenden kalkıp nerede ve nasıl kalacağınızı bilmeden yola çıktınız mı hiç?

• Ya da aklınızda sadece o ilk karşılaşmaların hayalini kurup delice gülümsediniz mi?

• Peki hiç dinlenemeyecek olmanız pahasına geleceğe bir bilet aldınız mı?

• Bir de tüm yetersiz kaldığınız durumları bir çantaya koyup onların içini dolduracak yere doğru yol aldınız mı?

• Siz daha önce hiç karşılaşmadığınız insanlara sarılma isteği duydunuz mu?

Merhaba;

      Var olan her şey değişimin bir parçası ise biyoinformatik adına öğreneceğim her şey de evrimin göstergesi olacaktır. Sürekli değişen, sürekli gelişen bu programda kendimi sürekli daha iyiye ve daha verimli olmaya odaklayarak çalışacağım. Bu zaman zarfında GenKök staj programına dahil olamayan tüm bioinformatikseverlerin yanında olup bilginin paylaştıkça çoğaldığına inanarak bildiğim her şeyi ayrıntılı bir şekilde aktaracağım.

      Düşünüyorum ve görüyorum ki doğru yerdeyim. Mutlu hissettiiğim yolun başındayım. Ahmet Raşit Hocamız hep der ki  " Yolun neresinde olduğun değil, önemli olan yolda olmandır. Yolda kal! ". Biyoinformatik'e doğru adım attığım bu yolda her türlü eleştirileriniz en büyük destekçim olacaktır. 

      Birlikte yürümeye ne dersiniz? Benimle kalın, takipte kalın, yolda kalın.
      
      Dinamik, pratik, düşünen, ilgili, çalışkan, üretken, evrimin farkındalığına sahip, hayallerinin peşinden giden herkese sevgilerle..